紫外消毒器可以任何水族馆一起使用，但是，在较小的水族箱（少于108L），该装置的成本可能使其不切实际的。紫外线杀菌器在共享一个过滤器多罐系统中是zui有性价比的。在单罐系统中，杀菌灯对于控制感染性疾病的传播是有益的。对于建立一个新的水族箱，因为98％的爱好者，不使用检疫后的水，这种情况下对于水族馆疾病控制显得尤为重要。
在池塘中，紫外线消毒是控制自由浮动藻类的合适方式之一，对于鱼类生长有很大帮助。紫外线消毒器也将杀死池塘水自由漂浮的细菌。

有什么限制和紫外线消毒的潜在的有害副作用？
紫外线杀菌器是不是很好的生物和机械过滤，定期换水，氮循环的适当控制的替代品。一个紫外线消毒器应被视为一种保险。
紫外线杀菌对串藻类或其他不在水中自由游动致病有机体是无效的。
而紫外线消毒器通常对很多生物产生伤害，不应该在水族箱*次循环水中使用，因为在进入生物介质或碎石之前??，可能会杀死有益细菌。
许多药物可通过UV光“变性”，所以消毒器应在使用药物时关闭，尤其是铜处理时。UV光将“打破”螯合剂的作用，可能使金属离子达到致死浓度。
紫外线消毒器可用于控制寄生虫，但所需要非常慢的流速，在较大的水族馆有些不切实际，除非使用大（40W +）UV体系。
当它通过紫外线消毒可以加热水，特别是如果该单元是比所需的罐尺寸的冷却装置，可能是必要的，以保持水族箱的水在适当的温度。